Цей метод вимагає багато терпіння і ретельності, проте саме таким чином виходять особливо гарні екземпляри.
Практично будь-який бонсай можна виростити з насіння. Спеціальних насіння для вирощування бонсай не існує.
Використовуються ті ж насіння, що і для вирощування звичайних дерев . Насіння можна купити або зібрати прямо з рослин.
Збір проводять восени; у всіх плодах - жолудях, ягодах, сім'янки і горіхах - містяться насіння, з яких, якщо їх посадити, через 5-7 років можна отримати красиві мініатюрні деревця бажаної форми.
Умови проростання насіння у різних рослин різні і залежать від термінів посіву. Деякі насіння необхідно висівати відразу, оскільки вони проростають безпосередньо після збору.
Інші ж перед посівом повинні якийсь час зберігатися в сухому і прохолодному місці. Треті можуть проростати восени або взимку, але перш за все, щоб зберегти здатність до проростання, повинні бути поміщені на кілька днів у вологий пісок.
Багато з насіння потребують періоді спокою. Їх стратифицируют (тобто поміщають в шар вологого піску) протягом 6-12 місяців, захищаючи від холоду та спеки. Деякі насіння може зберігатися в холодильнику, в ємності для овочів.
Тривалість такого зберігання становить від 1 дня до 1 місяця; після чого насіння необхідно замочити на 24 години в теплою воді.
Існує два найбільш сприятливих для посіву періоду: навесні або в кінці літа до середини осені.
Насіння з твердою оболонкою можна надрізати, щоб таким чином полегшити його проростання. Насіння різних видів рослин разом, що не сіють, тому що їх потреби у воді, теплі, світлі можуть не збігатися.
Для посіву насіння використовують невисокі ящики з отворами на дні для стоку надлишків води. 
посів насіння
1. Для просіювання земельної суміші необхідно сито.
2. Стандартний глиняний горщик заповнюють просіяного грунтовою сумішшю.
3. Стратифіковані насіння викладають на поверхню земельної суміші.
4. Товщина шару грунту, якої присипають насіння, залежить від їх розмірів.
5. Якщо насіння досить великі, то прикриває їх шар грунту злегка ущільнюють. Для цього використовують звичайний садовий совок.
6. Шкаралупу, що захищає насіння (на рис. Насіння гінкго), розколюють щипцями.
7. З шкаралупи обережно витягують насіння.
8. Звільнені від шкаралупи насіння можна сіяти. Проростанню такого насіння більше ніщо не заважає, тому стратифікація буде зайвою.
9. Поверхня ґрунту в горщику прикривають паперовим колом.
10. Такий паперове коло перешкоджає розмиванню грунту при поливі. 
Ящик заповнюють сумішшю, що складається з 1/2 торфу і 1/2 річкового піску. Будь-яку посівну ємність заповнюють грунтовою сумішшю лише на 3/4, не надто ущільнюючи її для забезпечення кращої циркуляції повітря і води.
Потім на поверхні просіяного субстрату розкладають насіння, присипають їх зверху шаром ґрунту, злегка ущільнюють і рясно поливають з лійки з дрібним ситом. Після цього ящик накривають склом і розміщують в полупрітененном і захищеному від заморозків місці.
З появою перших проростків (раніше чи пізніше у різних видів) скло піднімають для кращої циркуляції повітря.
При появі перших листків скло прибирають зовсім.
Навесні, після того, як стебла зміцніють, сіянці пересаджують по одному в маленькі горщики і поступово привчають до сонця.
Через 2 роки з молодого деревця можна починати формувати бонсай, обрізаючи у нього гілки (навесні і влітку) і коріння (навесні).
Через 3-5 років дерево, вирощене з насіння, буде мати витончений силует і набуде вигляду бонсай бажаного стилю без грубих шрамів і потовщень на стовбурі з гармонійно розташованими гілками.